药物基因多态性检测编码，检测药物代谢酶

基因多态性rs编码是否具有唯一性

理论上应当是唯一的，但数据库需要完善的过程，在过去的数据提交中会出现不同rs编号指向同一个SNP，之后会合并保留一个，另一个在查询中会提示与另一个合并。

为什么要做cyp2c19基因检测

肝脏是人体重要的解毒器官，很多药物都是通过肝脏代谢的。 细胞色素P450是肝细胞主要的期代谢酶之一。 在CYP2C亚家族中，CYP2C19亚型在药物反应中起关键作用，因为其活性存在显著的个体差异，表现出遗传多态性，导致血药浓度存在个体差异。 CYP2C19酶广泛分布于肝、肾、脑、皮肤、肺、胃肠道和胎盘，以肝脏为主。 它参与许多外源物质的代谢，如药物、酒精、抗氧化剂、有机溶剂、染料、环境污染物等。 理论上，所有的药物代谢酶都具有遗传多态性。 大多数药物代谢酶的多态性都是单基因多态性，是由同一基因位点的多个等位基因引起的。 遗传变化使CYP450酶表现出遗传多态性，具有明显的个体、民族或地区差异。 等位基因编码的代谢酶具有不同的代谢能力：正常野生型表现为快速代谢型(EM)；大多数突变等位基因因碱基突变、插入或缺失而表现出代谢缓慢(PM)，对个体反应和药物副作用有重要影响。 1.CYP2C19基因多态性CYP2C19至少有14个突变基因和18个等位基因突变。 编码正常酶活性的基因是CYP2C19*1，CYP2C19的等位基因主要是*1、*2、* 3.* 17.CYP2C19*2和CYP2C19*3等位基因占东方人弱代谢表型(PM)的99%以上。 *2，3等位基因编码的酶无活性，CYP2C19*2等位基因外显子5第681位碱基变异(G/A)形成异常剪接点，使转录时外显子5起始处丢失40个碱基对(643-682bp)，从而翻译时丢失215-227个氨基酸，使215个氨基酸开始。 因此，提前在第215个氨基酸下游的第20个氨基酸产生终止码，这导致蛋白质合成过早终止。 结果，含有234个氨基酸的截短蛋白失去了催化活性。 由此导致的新陈代谢缓慢的发生率在中国人中约为30%。 CYP2C19*3的等位基因在外显子4第636位有G/A突变，导致提前终止编码，蛋白质合成终止，导致CYP2C19酶活性丧失。 经这种酶代谢的药物(如质子泵抑制剂、抗惊厥药等。 )对不同基因型的患者有不同的疗效和副作用。 利用基因芯片技术对CYP2C19基因第636和681突变位点进行了分析。 试剂盒提取全血细胞基因组DNA，通过PCR扩增CYP2C19*1，*2和*3多态性位点的靶片段，然后与基因芯片上的探针杂交，对芯片进行扫描和基因分型。

什么是SNP SNP怎么检测

SNP是英文中“单核苷酸多态性”的缩写，意思是单核苷酸多态性，或单碱基多态性，即一个碱基与另一个碱基的差异。 基因组差异有碱基插入、缺失、SNP和微卫星等几种，其中SNP只是最常见的一种。 SNP检测方法介绍：1。 TaqMan探针法：针对染色体上不同的SNP位点设计PCR引物和TaqMan探针，进行实时荧光PCR扩增。 探针的5’端和3’端分别标记有报告荧光基团和淬灭荧光基团。 当溶液中存在聚合酶链反应产物时，探针与模板退火，从而产生适合核酸外切酶活性的底物，从而从探针上切下连接在探针5’端的荧光分子，破坏两个荧光分子之间的PRET并发射荧光。 一般用于分析少量的SNP位点。 2.SNaPshot方法：由美国应用生物公司(ABI)开发，该技术是基于荧光标记单碱基延伸原理的分型技术，也称小测序，主要针对中通量的SNP分型项目。 在含有测序酶、四种荧光标记物ddNTP、接近多态性位点5’端的不同长度引物和PCR产物模板的反应体系中，引物延伸一个碱基后终止，由ABI测序仪检测；根据峰的移动位置，可以确定延伸产物对应的SNP位点，根据峰的颜色可以知道掺入碱基的类型，从而确定样品的基因型。 聚合酶链反应产物的模板可以通过多重聚合酶链反应系统获得。 一般用于10-30个单核苷酸多态性位点的分析。 扩展数据：单核苷酸多态性特征：1。 有许多单核苷酸多态性，分布广泛。 据估计，人类基因组中每1000个核苷酸就有一个SNP，人类30亿个碱基中就有300多万个SNP。 SNPs遍布整个人类基因组。 根据SNPs在基因中的位置，SNPs可以分为三类：基因编码区的SNPs、基因周围的SNPs和基因之间的SNPs。 2.SNP适合快速大规模筛查。 虽然DNA有四个碱基，但SNP一般只有两个碱基，所以是双态标记，即双等位基因。 因为SNP的双态性，要么是一种，要么是另一种。 在基因组筛选中，SNPs只需要/-分析，而不需要分析片段的长度，有利于自动化技术的发展来筛选或检测SNPs。 3.SNP等位基因频率的简单估计。 使用混合样本估计等位基因频率是一种高效快速的策略。 这种策略的原理是：首先选择参考样本制作标准曲线，然后将待测混合样本与标准曲线进行比较，根据得到的信号的比值确定混合样本中各种等位基因的频率。 参考来源：百度百科-SNP基因分型参考来源：百度百科-SNP(单核苷酸多态性的缩写)。

多态性的基因多态性

基因多态性（gene polymorphism）是指处于随机婚配的群体中，同一基因位点可存在2种以上的基因型。 在人群中，个体间基因的核苷酸序列存在着差异性称为DNA基因多态性(gene polymorphism)。 这种多态性可以分为两类，即DNA位点多态性(site polymorphism)和长度多态性 (longth polymorphism)。 1.位点多态性：位点多态性是由于等位基因之间在特定的位点上DNA序列存在差异，也就是基因组中散在的碱基的不同，包括点突变（转换和颠换），单个碱基的置换、缺失和插入。 突变是基因多态性的一种特殊形式，单个碱基的置换又称为单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP), SNP通常是一种二等位基因（biallelic）或二态的变异。 据估计，单碱基变异的频率在1/1000-2/1000。 SNP在基因组中数量巨大，分布频密，检测易于自动化和批量化，被认为是新一代的遗传标记。 2. 长度多态性：长度多态性一类为可变数目***重复序列（variable number of tandem repeats, VNTRS），它是由于相同的重复顺序重复次数不同所致，它决定了小卫星DNA（minisatellite）长度的多态性。 小卫星是由15-65 bp的基本单位***而成，总长通常不超过20bp，重复次数在人群中是高度变异的。 另一类长度多态性是由于基因的某一片段的缺失或插入所致，如微卫星DNA（microsatellite），它们是由重复序列***构成，基本序列只有1-8bp,如(TA)n及(CGG)n等，通常重复10-60次。 长度多态性是按照孟德尔方式遗传的，它们在基因定位、DNA指纹分析，遗传病的分析和诊断中广泛地应用。 基因具有高度多态性和变异性。 DNA分子在碱基排列、空间结构等方面有各种各样的形式。 DNA有不同的形态，比如最普通的是双螺旋结构，但在分裂时是两条单链。 1、等位基因复等位基因（multiple allele）是指位于一对同源染色体上对应位置的一对基因。 由于群体中的突变，同一座位的基因系列称为复等位基因。 某些复合体基因的每一座位都存在为数众多的复等位基因，这是某些复合体（HLA）高度多态性的最主要原因。 2、共显性共显性（condominance）是指一对等位基因同为显性。 某些复合体中，如HLA每一对等位基因匀为共显性。 共显性大大增加了人群中某些基因表型的多样化。 基因的多态性显示了遗传背景的多样性和复杂性。 它可能是人类在进化过程中抵御不良环境因素的一种适应性表现，对维持种群的生存与延续具有重要的生物学意义。 基因多态性在人群中的基因型分布频率符合Hardy-Wenberg平衡，其可以使基因的转录水平或活性的增强或降低、改变遗传密码、启动子的突变及非转录区的突变、导致蛋白质肽链中的片段缺失等。 如果基因多态性的碱基的取代、缺失、插入引编码序列的核苷酸顺序改变，在转录和翻译合成蛋白质的过程中，有的对多肽链中氨基酸的排列顺序产生影响，有的不产生影响。 可分为：错义突变(missense mutation)指DNA分子中碱基对的取代，使得mRNA的某一密码子发生变化，由他所编码的氨基酸就变成另一种不同的氨基酸，使得多肽链中氨基酸的顺序也相应地发生改变。 无义突变(nonsense mutation)指由于碱基取代使原来可翻译某种氨基酸的密码子变成了终止密码子。 例如UAU（氨酸）颠换成UAA（终止密码子）使多肽链的合成到此终止，形成一条不完整的多肽链，使蛋白质的生物活性和功能改变。 转换也可引起无义突变。 无义突变和DNA片段的缺失都可以导致肽链中的片段缺失，致使基因编码的蛋白质失去原有的功能。 同义突变(same sense mutation)指碱基的取代并不都是引起错义突变和翻译终止，也就是虽然碱基被取代了，但蛋白质水平上没有引起变化，氨基酸没有被取代。 移码突变 (frame-shifting mutation)指在编码序列中单个碱基、数个碱基的缺失或插入，片段的缺失或插入可使突变位点之后的三联体密码子阅读框发生改变，不能编码原来的正常蛋白质。 移码突变不仅翻译后的肽链中氨基酸序列发生改变，而且也导致肽链中的大片段缺失。 影响mRNA剪接：如果点突变发生内含子的剪切位点，可以产生两种影响：一是原有的剪接位点消失，二是产生新的剪切位点。 无论是那一种形式，都可以导致mRNA的错误剪接，产生异常的mRNA，最终产生异常的表达产物，数个碱基的缺失、片段缺失等匀有可能造成剪接位点的缺失。 通过对基因多态性与疾病的易感性的联系研究，可阐明人体对疾病、毒物和应激的易感性，为临床医学、遗传病学、预防医学的发展开拓了新的研究领域。 临床医学方面人类基因多态性在阐明人体对疾病、毒物的易感性与耐受性，疾病临床表现的多样性（clinical phenotype diversity），以及对药物治疗的反应性上都起着重要的作用。 早期临床上有关基因多态性的研究是从HLA基因开始的，分析基因型在疾病发生易感性方面的作用，如HLA-B27等位基因与强直性脊椎炎发生率的密切关联，可作为诊断的依据。 通过基因多态性的研究，可从基因水平揭示人类不同个体间生物活性物质的功能及效应存在着差异的本质。 疾病基因多态性与临床表型多样性的联系已受到重视，如肿瘤等多基因病的临床表型往往多样化，阐明基因型（genotype ）与表型(phenotype)之间的联系在认识疾病的发生机理、预测疾病的转归等方面也有重要的作用。 药物代谢酶、转运蛋白和受体的遗传多态性是导致药物反应个体和群体差异的重要原因。 药物代谢酶的表型表现为催化代谢的活性大小，可通过测定其底物的代谢率确定。 表型是个体间药物代谢和反应差异的表现，而基因型则是反应差异的根本原因。 药物代谢基因多态性可以影响药物的代谢过程及清除率，从而影响治疗效果。 致病基因的多态性使同一疾病不同个体其体内生物活性物质的功能及效应出现差异，导致治疗反应性上悬殊，按照基因多态性的特点用药，将会使临床治疗符合个体化的要求。 在疾病基因多态性研究的引导下，临床医生将有可能预断不同的个体在同样的致病条件下会出现什么样的病理反应和临床表现，即临床表型。 如高血压的治疗将根据基因多态性的研究选择更具针对性的药物，调整其剂量，而不是不加选择地使用ACEI、钙拮抗剂或交感神经受体阻断剂。 合并症的防治也会更个体化，更具针对性。 遗传病学方面基因的有害突变导致基因多态性，经典的突变和动态突变本身可能是遗传病的病因；同时，众多的多态性位点又是很好的遗传标记，可以在遗传病的研究和临床诊断中发挥重要的作用。 1.多态性作为遗传病的病因：点突变引起的疾病：从镰刀状细胞贫血开始，突变引起各种遗传病的例子愈来愈多，遗传性肿瘤也逐渐被认识。 重复序列多态性作为遗传病的病因：如CCG，CTG和CAG这样的三核苷酸重复序列，当其拷贝数过度增高时可以引起强直性肌营养不良等。 三核苷酸拷贝数的扩增或突变发生在世代传递过程中，由于拷贝数在世代间的改变，它被称为动态突变。 目前动态突变疾病大多是些神经系统的退行性疾病，也有少数肿瘤。 动态突变疾病的发现提示序列拷贝数的多态性能够成为遗传病的病因。 2.多态性作为遗传标记的应用：绝大多数DNA多态性并不引起遗传病，但可作为遗传标记来使用。 例如：上述提到的各种多态性标记，包括RFLP位点，微卫星和小卫星DNA标记都已广泛用于遗传病的连锁诊断。 利用各条染色体上位置已知的众多的多态性标记，通过患病家系的连锁分析，可以找到多基因病的致病基因或相关基因的位置，并为他们的分离克隆提供依据。 此外，在疾病的关联分析和病因学研究方面，通过比较患病群体和正常群体，可以发现两组间多态性位点的特定等位基因频率有显著差别，则表明该位点与该疾病相关联。 使用多态性标记的关联分析既可以提示相关基因存在的位置，也有助于发病机理的阐明。 基因多态性还可以用于疾病的分型与治疗，即根据患者疾病多态性的基因型来解释疾病的病因和临床表现。 预防医学方面在预防医学方面，基因多态性的研究涉及的范围广泛，包括基因多态性与病因未知的疾病关系的研究，也包括对已知特定环境因素致病易感基因的筛选。 由于基因多态性有明显的种族差异，因此在基因-环境交互作用模式上，不同的种族之间有可能不同。 所以，开展我国人群的基因多态性与环境的作用关系的研究具有重要的意义。 基因多态性的研究在职业病医学中则更具有实际的意义。 对易感基因和易感性生物标志物的分析，将某些携带敏感基因型的人甄别开来，采取针对性预防措施，提高预防职业性危害工作的效率。 对特定的污染物易感人群和耐受人群的基因多态性研究，有助于阐明环境因素的致病机制，也推动了遗传易感性标志物的研究。 1．限制性片段长度多态性（Restriction Fragment Length Polymorphism，RFLP）：由DNA 的多态性，致使DNA 分子的限制酶切位点及数目发生改变，用限制酶切割基因组时，所产生的片段数目和每个片段的长度就不同，即所谓的限制性片段长度多态性，导致限制片段长度发生改变的酶切位点，又称为多态性位点。 最早是用Southern Blot/RFLP方法检测，后来采用聚合酶链反应（PCR）与限制酶酶切相结合的方法。 现在多采用PCR-RFLP法进行研究基因的限制性片段长度多态性。 2．单链构象多态性（SSCP）：是一种基于单链DNA构象差别的点突变检测方法。 相同长度的单链DNA如果顺序不同，甚至单个碱基不同，就会形成不同的构象。 在电泳时泳动的速度不同。 将PCR产物经变性后，进行单链DNA凝胶电泳时，靶DNA中若发生单个碱基替换等改变时，就会出现泳动变位（mobility shift），多用于鉴定是否存在突变及诊断未知突变。 3．PCR-ASO探针法（PCR-allele specific oligonucleotide, ASO）：即等位基因特异性寡核苷酸探针法。 在PCR扩增DNA片段后，直接与相应的寡核苷酸探杂交，即可明确诊断是否有突变及突变是纯合子还是杂合子。 其原理是：用PCR扩增后，产物进行斑点杂交或狭缝杂交，针对每种突变分别合成一对寡核苷酸片段作为探针，其中一个具有正常序列，另一个则具有突变碱基。 突变碱基及对应的正常碱基匀位于寡核苷酸片段的中央，严格控制杂交及洗脱条件，使只有与探针序列完全互补的等位基因片段才显示杂交信号，而与探针中央碱基不同的等位基因片段不显示杂交信号，如果正常和突变探针都可杂交，说明突变基因是杂合子，如只有突变探针可以杂交，说明突变基因为纯合子，若不能与含有突变序列的寡核苷探针杂交，但能与相应的正常的寡核苷探针杂交，则表示受检者不存在这种突变基因。 若与已知的突变基因的寡核苷探针匀不能杂交，提示可能为一种新的突变类型。 4. PCR-SSO法：SSO技术即是顺序特异寡核苷酸法（Sequence Specific Oligonucleotide, SSO）。 原理是PCR基因片段扩增后利用序列特异性寡核苷酸探针，通过杂交的方法进行扩增片段的分析鉴定。 探针与PCR产物在一定条件下杂交具有高度的特异性，严格遵循碱基互补的原则。 探针可用放射性同位素标记，通过放射自显影的方法检测，也可以用非放射性标记如地高辛、生物素、过氧化物酶等进行相应的标记物检测。 5. PCR-SSP法：序列特异性引物分析即根据各等位基因的核苷酸序列，设计出一套针对每一等位基因特异性的（allele-specific）、或组特异性 (group-specific)的引物，此即为序列特异性引物（SSP）。 SSP只能与某一等位基因特异性片段的碱基序列互补性结合，通过PCR特异性地扩增该基因片段，从而达到分析基因多态性的目的。 6. PCR-荧光法：用荧光标记PCR引物的5’端，荧光染料FAM和JOE呈绿色荧光，TAMRA呈红色荧光，COUM 呈兰色荧光，不同荧光标记的多种引物同时参加反应，PCR扩增待检测的DNA，合成的产物分别带有引物5’端的染料，很容易发现目的基因存在与否。 7. PCR-DNA测序：是诊断未知突变基因最直接的方法，由于PCR技术的应用，使得DNA 测序技术从过去的分子克隆后测序进入PCR直接测序。 PCR产物在自动测序仪上电泳后测序。 常用方法有：Sanger双脱氧末端终止法;Maxam-Gilbert化学裂解法；DNA测序的自动化。 目前DNA顺序全自动激光测定法是最先进的方法。 8. PCR指纹图法（PCR-fingerprints）：实用于快速的同种异型DR/Dw配型。 在DR/DW纯合子及杂合子个体中，每种DR单倍型及每种单倍型组合所产生的单链环状结构的大小、数目和位置各异，由于同质双链和异质双链之间的分子构象不同。 因此，在非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳时，它们的迁移率各不相同，从而获得单倍型特异的电泳带格局即PCR指纹。 也有人用人工合成的短寡核苷酸片段作为探针，同经过酶切的人体DNA作Southern blot，可以得出长度不等的杂交带，杂交带的数目和分子量的大小具有个体特异性，除非同卵双生，几乎没有两个人是完全相同的，就象人的指纹一样，人们把这种杂交带图形称为基因指纹(gene finger-printing)。 9. 基因芯片法：又称为DNA 微探针阵列（Micro array）。 它是集成了大量的密集排列的大量已知的序列探针，通过与被标记的若干靶核酸序列互补匹配，与芯片特定位点上的探针杂交，利用基因芯片杂交图象，确定杂交探针的位置，便可根据碱基互补匹配的原理确定靶基因的序列。 这一技术已用于基因多态性的检测。 对多态性和突变检测型基因芯片采用多色荧光探针杂交技术可以大大提高芯片的准确性、定量及检测范围。 应用高密度基因芯片检测单碱基多态性，为分析SNPs提供了便捷的方法。